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训练神经网络，numpy出现runtime warning的解决思路

2018年11月24日 / 14,016次阅读

在使用numpy进行神经网络算法计算的时候，有的时候会遇到Runtime Warning，比如下面的这样的显示：

>> test.test5()
MNIST data is loaded.
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/costfunc.py:29: RuntimeWarning: divide by zero encountered in log
(1-y)*np.log(1-a)))
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/costfunc.py:29: RuntimeWarning: invalid value encountered in multiply
(1-y)*np.log(1-a)))
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/f3cl_nn.py:54: RuntimeWarning: overflow encountered in double_scalars
for x in data)/len(data)
/home/xinlin/.local/share/virtualenvs/MNIST_lab-KQoRsFip/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/fromnumeric.py:83: RuntimeWarning: overflow encountered in reduce
return ufunc.reduce(obj, axis, dtype, out, **passkwargs)
Epoch 1: 989/10000, Cost: inf
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/neuron.py:20: RuntimeWarning: overflow encountered in exp
return 1.0/(1.0+np.exp(-z))
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/costfunc.py:28: RuntimeWarning: divide by zero encountered in log
return np.sum(np.nan_to_num(-y*np.log(a)-
/home/xinlin/repo/MNIST_lab/src/costfunc.py:28: RuntimeWarning: invalid value encountered in multiply
return np.sum(np.nan_to_num(-y*np.log(a)-

问题的原因是，数字太大了，溢出，计算过程出现inf，inf再做其它运算，大部分还是inf。

np.exp(800)，区区800就会出现overflow，这时再计算sigmoid函数，就是0，然后再算np.log(0)（crossentropy），就会出现divied by zero ...

np.nan_to_num可以起一点作用，将inf转换成最大的浮点数，可以让计算继续下去，但是这么大的数，在后续计算的时候，还是会容易出现overflow encountered in double_scalars，这个doubel_scalars应该只是双精度的浮点数。还有的时候是显示overflow encountered in multiply。

一些解决方法和思考：

1，我最先考虑的是，是否可以限制神经元函数的输出，比如sigmoid函数，将其限制在一个精度足够高的范围内；但是，存在的问题是，在output layer，如果多个神经元函数的输出都超限，经过处理之后，这多个神经元的输出就变成一样的了，就无法比较判断了。所以放弃了这个方法。

2，经过测试发现，出现大量的这些runtime warning，主要是因为np.log这个函数；

这个函数被用来计算total cost，如果在训练过程中，不去计算cost，基本上所有这些warnning就没有了。

3，如第2点，如果采用quadratic cost function，就没有这些warning出现。

4， sigmoid函数的np.exp overflow是不是可以忽略？因为不会出现inf和nan的情况。

np.log的warning显然不能忽视，后面的计算已经不能正常进行下去了。

5，出现warning的网络配置：

（1）784:10，对，没有hidden layer，feedforward fully connected layered nn；

（2）cross-entropy cost function；

（3）learning rate = 2；

（4）网络中的w和b采用np.random.randn方式配置；

（5）sigmoid neuron；

（6）最极端的SGD，每一轮梯度下降，只随机取一个数据；（BGD，SGD，MBGD）

（7）MNIST dataset；

-------

（a）以上配置，如果仅仅将网络修改为784:100:30:10，增加两个hidden layer，就没有warning了；

也就是说，这些warning可能不太重要，因为在production环境下，几乎不可能没有hidden layer。

（b）以上配置，如果仅仅将w和b全部初始化为0，warnning依然存在。

（c）以上配置，如果仅仅将SGD修改为BGD，warning消失；

其实，极端的SGD可能只有实验价值，并没有实用价值。

（d）以上配置，如果采用MBGD，mini batch size取不同的值，结果略有不同：

mini batch size = 100，没有warning；

mini batch size = 50，没有warning；

mini batch size = 30，没有warning；

mini batch size = 10，有warning，但明显感觉数量减少了一些。

似乎可以得出一个经验总结：在计算梯度的时候，越是平均，越不会出现这些烦人的warning。

6，采用cross-entropy是为了解决learning slowdown的问题，在这个配置下，learning rate的设置一般要比quadratic cost要小一些。

我测试过，按照第5点的配置，只是将learning rate改为0.02，这些warning就消失了。

继续分析：

重新写了一段测试代码，直接观察在SGD的情况下，即只随机用一个数据来做梯度下降，然后停止计算cost，而是找一个数（我用的MNIST dataset的第一个数），计算output layer的a和z，然后将a和z打印出来，由于w和b是随机方式，我测试了几次，就发现了如下数据：

>> test.test6()
MNIST data is loaded.
[[-118.58708751]
[ 2.98852622]
[ -16.61383826]
[ 140.26884215]
[-116.31244446]
[-127.53373432]
[ -5.48993549]
[ -1.57377646]
[ -6.68414129]
[ -1.80108273]]
-----
[[3.14979486e-52]
[9.52053080e-01]
[6.09118363e-08]
[1.00000000e+00]
[3.06300138e-51]
[4.10018007e-56]
[4.11113925e-03]
[1.71678694e-01]
[1.24902616e-03]
[1.41719316e-01]]
>>> import numpy as np
>>> import neuron
>>> neuron.sigmoid(140.2689)
1.0
>>> np.exp(-140.2689)
1.2077881029207517e-61
>>> 1/(1+1.207788e-61)
1.0
>>>

发现一个a是1，这样如果计算cost，就是warning，算不出来；

这个a对应的z是140.2688这个数，我在下面有自己计算了一下，确实算sigmoid得到的是1.0.

以上测试，learning rate是2，这也解释了为什么将learning rate设置为0.02时，就没有warning，因为2太大了，加大了z值的变化幅度。区区140就让sigmoid饱和了，这个饱和的sigmoid神经元，可是有784个输入呀。。。

这个时候，softmax的优势就提现出来了，output layer不再使用sigmoid函数，就规避了这个问题。

output layer如果是sigmoid，就是取值最大的那个位置所代表的结果；

output layer如果是softmax，我们得到的是一个概率分布，哪个位置概率高，就是哪个结果。

用一个数来计算梯度，容易在那个数据的梯度上出现比较大值，如果learning rate也比较大，就容易导致z值过大，然后再计算np.log，就进入warning区域。

上面写的有点乱，总结一下：

只用一个数据来做梯度下降计算没有错，只是如果learning rate也比较大的话，容易导致warning的出现，导致无法在计算下去，64位的计算机，也是由计算上的限制的。增加hidden layer有效果，是因为cost的计算，只与output layer的输出有关，我上面的测试，距离output layer的那个hidden layer的神经元数量只有30。用mini batch来计算的思路是很不错的，比BGD快很多，而且也不容易出现各种warning。w和b的初始化，随机还是全零，在这个问题上没什么关系。使用quadratic cost function就是会导致learning slowdown，如果无惧slowdown，可以尽情地使用这个cost函数。softmax应该是更好的选择，下一个commit实现softmax。

同时，我也在质疑，为什么一定要计算cost的值？计算cost的值可能更多的只是实验方面的意义；cost的计算也不需要连续，网络连续计算，在output layer的所有输出都在某个限制内的时候，再计算一个cost的点值，这样行不行？其实，cost计算过程出现的各种warning，并没有影响网络中的梯度计算，从这个角度看，可以忽略计算过程中的warning（注意上文第4点）。

2018-12-03：

无视无惧numpy计算时的runtime warning...

本文链接：https://www.maixj.net/ict/numpy-warning-19356

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《训练神经网络，numpy出现runtime warning的解决思路》有4条留言

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麦新杰

2018年12月3日上午11:55

貌似使用numba的JIT技术之后，warning被抑制了，但是cost计算还是会出现nan和inf。 [登录以回复]
麦新杰

2018年12月3日上午10:45
```
>>> 0*np.log(0)
__main__:1: RuntimeWarning: divide by zero encountered in log
__main__:1: RuntimeWarning: invalid value encountered in double_scalars
nan
>>>
```
[登录以回复]
- 麦新杰
  
  2018年12月3日上午11:09
  
  当y为0时，a也为0，这时是一个正确的对应，说明在这一个点上，网络学习很成功。但是这时做计算，就会有warning，可以考虑换一种计算方式，y为0的时候，就不要算y*np.log(a)，y为1时，就不要算(1-y)*np.log(1-a)。 [登录以回复]
麦新杰

2018年12月3日上午9:48

通过初始化更小的weight，warning的问题可以得到缓解，甚至消失不见。 [登录以回复]